Evernote とか 1Password のエクステンションが利用できなくて困っていたが、
対処方法がわかったので、記しておく。

以下のフォルダを再生成させることで、エクステンションがインストールできるようになった。
/Users/(ユーザ名)/Library/Safari/Extensions
原因はわからないが、エクステンションを保持しているフォルダを再生成させることで、問題対処できたと言うことですね。

Safari エクステンションを再生成させる手順
1. safari を終了する
2. 上記のフォルダを削除する
3. safari を起動し、エクステンションをインストールする

もし、上記フォルダへの移動方法がわからなければ、以下の方法で移動する。
・Finder 移動-フォルダへ移動(shift + command + g) で移動できる

Evernote Web Clipper を利用していると Google Adsense の広告が表示されないと書き込みを行っている方がいるようですが、広告も表示できているようです。
(OS X 10.8.2, Safari 6.0.2, Evernote Web Clipper 5.7 で確認)